Povoada desde o princípio da ocupação das terras cariocas, a Ilha do Governador possuía diversas lavouras e uma capelinha fundada por Jorge de Souza ainda no século XVII. Elevada a matriz em 1710, a paróquia chegou a abrigar uma irmandade de Nossa Senhora do Rosário (que podemos supor que fosse de compromisso dos pretos escravizados), possuindo – naquele tempo – três altares, onde se entronizaram as imagens da padroeira, São Miguel e da dita Virgem do Rosário. Em 1871, a Matriz de Nossa Senhora da Ajuda sofreu um incêndio que a destruiu quase completamente, ficando de pé apenas as paredes laterais. Por este motivo, não restam imagens, talha e esquadrias originais do período em que ela foi designada paróquia. A fachada, embora reconstruída após o incêndio, possui os elementos formais e volumetrias originais, seguindo o padrão mais simples adotado nas capelas e matrizes rurais da Capitaria Real do Rio de Janeiro, com portada única e duas janelas no coro com arco abatido (formando a sucessão de vãos em V), frontão triangular com pináculos nas esquinas e óculo no tímpano, com a cruz encimando o conjunto.
